La ciudad ha servido de almacén comercial, en un gran sistema comercial basado en el intercambio de productos agrícolas, pescado y minerales. Su nombre, Ossonoba, uno de los más importantes centros urbanos en la región sur de Portugal entre el siglo III a. C. y VIII d. C., esta zona de la ciudad estaba gobernada por romanos y visigodos, habiendo llegado a ser conquistada por los moros en el año 713 (reforzada por un nuevo muro construido a instancias del príncipe árabe Ben Bekr, en el siglo IX).
Después de la independencia de Portugal (que data de 1143), D. Afonso Henriques (primer rey de Portugal) y sus sucesores comenzaron a ampliar el sur del país, a continuación, reconquistar los territorios ocupados por los moros, que culminó con la conquista del Algarve y de la ciudad de Faro en el año 1249, por las tropas de D. Afonso III.
Faro fue elevada al rango de ciudad en el año 1540, y desde 1830 es la capital del Algarve. Faro fue parcialmente destruida durante el terremoto de 1755, en el que gran parte de su muralla, así como algunos otros edificios, se vinieron abajo
